La nuova sede, inaugurata nel dicembre 2000, ospita anche la Struttura Oceanografica Daphne (ARPAE-ER), del cui battello (Daphne II) la FCRM è armatore. La FCRM dispone di laboratori equipaggiati con moderna strumentazione, di un’aula magna-sala convegni per incontri di aggiornamento tecnico-scientifico, corsi di formazione e altre attività.
E’ presente anche una serra ittiologica (inaugurata nel 1983 poi completamente ristrutturata), struttura finalizzata allo studio sperimentale degli effetti dei vari tipi di inquinanti sugli organismi acquatici, nonché allo studio dei meccanismi di riproduzione ittica in ambiente artificiale.
Nello stesso cortile si trovano anche parte dei locali della sede distaccata dell’Università degli Studi di Bologna (Corso di Laurea in Acquacoltura e Igiene delle Produzioni Ittiche).
